20世纪90年代,巴基耶夫步入政界。1991年至1994年间,他历任贾拉拉巴德州科克扬加克市委第一书记、市苏维埃主席、州苏维埃副主席之职。他1994年任吉国有资产基金会副主席,1995年任贾拉拉巴德州州长,1997年至2000年任楚河州州长。
2000年12月,巴基耶夫出任总理。2002年5月,因吉南部阿克瑟区发生警察向示威群众开枪事件,巴基耶夫引咎辞职。同年10月,巴基耶夫当选为吉议会立法会议议员。2004年11月,他任吉“人民运动”主席。2005年3月25日,巴基耶夫出任吉代总统兼代总理。3月28日,他被吉议会任命为总理,同时任代总统。同年7月10日,他当选总统,并于8月14日宣誓就职。2009年2月11日,巴基耶夫宣布参加下届总统竞选。同年7月,巴基耶夫在总统选举中胜出,随后宣誓就职。2010年4月,因吉尔吉斯斯坦境内发生骚乱,巴基耶夫被反对派组建的“临时政府”剥夺总统豁免权。4月16日,巴基耶夫签署了辞职声明。
巴基耶夫重视发展对华关系。任楚河州州长时,他曾率团访问中国。2006年6月,巴基耶夫对中国进行国事访问,2008年8月来北京参加第29届奥运会开幕式及相关活动。
巴基耶夫已婚,有两个子女。
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