公元前3世纪已有文字记载。从中国西汉汉武帝时,今天吉尔吉斯大部分首次纳入中国版图:汉武帝又命李广利于太初元年(前104年)、三年两伐大宛(在今中亚费尔干纳盆地),使西域的许多城国相继臣服于汉。太初三年(前102年)战胜大宛后,西汉朝廷在轮台(今新疆轮台东)、渠犁(今新疆库尔勒西南)置使者、校尉,这是西汉政府在西域设置行政机构之始。后又设置伊循都尉、护鄯善以西使者。今天吉尔吉斯大部分从西汉一直到西晋都是中国版图,唐朝再次纳入中国版图,元朝时为蒙古族察合台汗国地,清朝时再次纳入中国版图,东部和南部大部分地区属于中国新疆,西部属属中国清朝藩属国浩罕汗国。神爵三年(前59年),因匈奴内争,其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉,汉使护鄯善以西使者郑吉迎之,匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护(车师以西)北道,故号曰都护”。西域都护是西汉政府在西域设置的最高军政机构,治乌垒城(今新疆轮台东北),“镇抚诸国,诛伐怀集之”,并“督察乌孙(在今新疆伊犁河流域)、康居(在今哈萨克斯坦境内巴尔喀什湖与咸海之间)诸外国动静,有变以闻
,可安辑安辑之,可击击之”。起初负责“护西域三十六国”,后来扩大统治范围,“最凡国五十”,西至今巴尔喀什湖以东、以南的乌孙,今铂尔河上游的大宛,今帕米尔地区的无雷,今阿赖谷地的休循等国,都受其管辖。“汉之号令班西域矣”,西域正式纳入了西汉王朝的版图。15世纪后半叶吉尔吉斯民族基本形成。16世纪受沙俄压迫,自叶尼塞河上游迁居至现居住地。东部和南部大部分地区本属于中国新疆,西部属浩罕汗国。 唐朝贞观十四年(640年)置。治所西(今新疆吐鲁番东高昌故城),统安西四镇,龟兹、疏勒、于阗、碎叶(今吉尔吉斯斯坦的托克马克市),辖境相当今新疆及哈萨克东部、吉尔吉斯北部楚河流域。自显庆元年(656年)至麟德元年(664年),这期间,是武则天为皇后辅佐高宗到垂帘听政阶段。657年,唐高宗发大军分南北两道进攻西突厥,一举灭掉了西突厥,西突厥领土全部为唐所有。显庆、龙朔年间(661-663年),唐军平定西突厥,辖区扩大至今阿尔泰山西至咸海及葱岭的东西各部直至阿姆河两岸城的诸城邦国包括今吉尔吉斯斯坦大部分。唐朝咸亨元年(670年),安西都护府治所移至碎叶城。唐朝前中期,在中亚的领土一直延伸到现在中亚的咸海。设立安西都护府管辖,都护府下面设都督府,都督府下面设州。安西都护府管辖地域包括现在的哈萨克斯坦东部,塔吉克斯坦大部,吉尔吉斯斯坦全部,阿富汗,伊朗等国的部分地区。15世纪后半叶吉尔吉斯民族基本形成。16世纪受沙俄压迫,自叶尼塞河上游迁居至现居住地。1864年10月7日,俄国强迫清政府签订中俄勘分西北边界条约,强行割让新疆西部44万平方公里领土,其中就包括原来的中国领土,现今吉尔吉斯斯坦的大部分土地、1876年被沙俄强占;1876年清朝藩属国浩罕汗国被沙俄吞并,至此,原来的中国领土、吉尔吉斯全部土地被沙皇俄罗斯吞并。清朝平定准噶尔后,要求归附的不仅仅是哈萨克和布鲁特,葱岭以西的各部落,如浩罕、今天吉尔吉斯坦南部的巴达克山、帕米尔、布哈尔、山克、塔什干、爱乌罕(阿富汗)等纷纷表示归附。
1917年11月—1918年6月建立苏维埃政权。根据中亚民族国家的划分,1924年10月14日成为俄罗斯联邦的一个自治州,名为卡拉-吉尔吉斯自治州。1925年5月25日称吉尔吉斯自治州。1926年2月1日改为吉尔吉斯苏维埃社会主义自治共和国。1936年12月5日成立吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国,加入苏联。1991年8月31日通过国家独立宣言,宣布独立,改国名为吉尔吉斯共和国,并于同年12月21日加入独联体。
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