俄罗斯东欧中亚研究所在北京的主要科研合作伙伴是中国国际问题研究院、中国现代国际关系研究院、国务院发展研究中心欧亚社会发展研究所以及清华大学、北京大学、中国人民大学、北京师范大学、北京外国语大学等高校。在外地的合作伙伴主要是地方社会科学院和上海大学、华东师范大学、复旦大学、辽宁大学、黑龙江大学等高校，与教育部所有的国别基地—俄罗斯研究中心建立了合作关系。俄罗斯东欧中亚研究所每年与这些合作伙伴联合举办多场学术活动，并联合开展皮书等学术著作的创作。

1. 中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与俄罗斯科学院远东所签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与俄罗斯科学院远东所合作备忘录》。

2. 2014年11月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与俄联邦独联体研究所签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与俄联邦独联体研究所合作备忘录》。

3. 2014年6月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与吉尔吉斯共和国国家战略研究所签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与吉尔吉斯共和国国家战略研究所合作备忘录》。

4. 2014年9月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦国际关系和外国语大学签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦国际关系和外国语大学合作备忘录》。

5. 2015年1月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦首任总统基金会世界经济与政治研究所签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦首任总统基金会世界经济与政治研究所合作备忘录》。

6. 2015年1月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦总统战略研究所签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与哈萨克斯坦总统战略研究所合作备忘录》。

7. 2018年5月中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与乌克兰基辅国立塔拉斯·舍甫琴科大学国际关系学院签署《中国社会科学院俄罗斯东欧中亚研究所与乌克兰基辅国立塔拉斯·舍甫琴科大学国际关系学院合作备忘录》。